Мотивом преступления, как писал газета Коммерсант, следствие считает желание господина Агаджаняна «повысить свой авторитет и значимость среди представителей национальной диаспоры», а также оказать услугу бизнесмену Гавриилу Юшваеву, чьи охранники развязали перестрелку. Добиваясь поставленной цели, говорится в деле, господин Агаджанян решил переквалифицировать действия Исмаилова на хулиганство. Для этого следователь, по данным СКР, решил сфальсифицировать доказательства, что давало возможность подогнать их под выдуманную им версию событий в башне ОКО.