Магомедов был задержан в рамках дела о растрате в особо крупном размере (часть 4 статьи 160 УК РФ) в начале октября 2023 года, затем арестован Басманным судом Москвы​​​. Из электронной картотеки следует, что теперь, помимо обвинения в растрате, Магомедову вменяется содействие терроризму с использованием служебного положения, убийство двух или более лиц, совершенное общеопасным способом, совершенное группой лиц по предварительному сговору или организованной группой, а также незаконный оборот оружия, совершенный организованной группой. По данному делу арестован также руководитель управления физкультуры, спорта и подготовки резерва министерства спорта Халитбег Махачев. Ему на данном этапе вменяется только растрата. Ранее сообщалось что Магомедов нанес себе порезы в камере следственного изолятора «Матросская тишина» в Москве, угрозы его жизни нет.