По информации источников «Базы», версия о применении ПВО не приоритетна. По мнению экспертов, на деталях упавшего «Эмбраера» слишком мало повреждений от шрапнели. Кроме того, во время падения самолёта в небе не было видно инверсионных следов ракеты. Пока всё указывет на то, что взрыв произошёл в сервисном отсеке (на фото подобный отсек на другом бизнес-джете) в районе хвостовой части самолёта, которая упала в нескольких километрах от фюзеляжа. Из отсека, который одновременно является грузовым, есть доступ и к туалету, расположенному у хвоста. Киль «Эмбраера» остался практически целым. По мнению следователей, бомба вряд ли была установлена в отсек шасси: рядом расположены топливные баки и при детонировании СВУ в этом месте самолёт был бы объят огнём уже при падении. Возможно, на борту было заложено два взрывных устройства — на случай, если одна бомба не сработает. Расследование начали с отработки этапа технического обслуживания самолёта в Шереметьево перед вылетом в Санкт-Петербург. Правоохранители устанавливают список лиц, которые имели допуск к борту, отсматривают камеры в аэропорту и опрашивают техников. По словам источников, особенно следователей интересовало, есть ли новые сотрудники, которые только недавно вышли на работу.