На протяжении многих лет служил в органах ФСБ РФ, начав оперуполномоченным. Был заместителем начальника УФСБ РФ по Республике Кабардино-Балкарии, курировал обеспечение экономической безопасности в регионе. С 2017 года занимал должность первого заместителя начальника УФСБ РФ по Тюменской области, курировал борьбу с терроризмом и контрразведку. 22 сентября 2021 года назначен на должность начальника УФСБ по Пермскому краю. С Кавказскими регионами и его спецификой генерал Генадий Анацкий уже знаком, имеет опыт борьбы с проявлениями терроризма и экстремизма, а также хорошо знаком со специфическими экономическими взаимоотношениями в регионе. Желаем Генадию Борисовичу успехов в работе и добро пожаловать в очень не простой Дагестан.