Срочную службу проходил в 37-й ОМСБр (Кяхта). После срочной службы заключил контракт в 24-й отдельной бригаде спецназа. В дальнейшем перевелся в 22-ю бригаду. Участвовал в выполнении боевых задач на Северном Кавказе, в Сирийской Арабской Республике. На СВО с первых дней, сначала в звании старшего сержанта, позже присвоено звание прапорщика. 29 сентября 2023 года прапорщик Худайнатов в составе своего подразделения отражал наступление противника в районе населенного пункта Новопрокоповка на Запорожской дуге. Выполняя задачу разведчики попали под огонь кассеток, ранения получили несколько бойцов. Подгруппа эвакуации, которая выдвинулась за ранеными также попала под удар кассет. Ранен был и прапорщик Худайнатов, несмотря на ранения он, двигаясь по заминированному участку, в течении 3 часов эвакуировал получивших ранения бойцов. При этом также корректировал огонь своей артиллерии. Уже после отражения наката он был эвакуирован в госпиталь, где скончался от большой кровопотери. Указом президента России от 11 апреля 2024 года гвардии прапорщику Худайнатову Фархаду Чаримовичу посмертно присвоено звание Героя России. Один из 17 Героев в состава бригады. Также был награжден двумя орденами Мужества, знаком отличия «Георгиевский крест» IV степени, медалью Жукова, двумя медалями «За боевые отличия».