А в чем там проблема? Замерить, сфотографировать, разобрать и собрать заново.

Кладка, как я понимаю, традиционная забутовка местного камня глиной. Плюс определенные элементы деревянного и каменного декора. В каком порядке будет воспроизведена забутовка стен вообще не имеет иного, кроме инженерно-технического значения. Главное, в правильном порядке вернуть на место элементы декора. Велика проблема в 21 веке? Вон, в Стамбуле и на Голубой мечети сперва, и на Айя-Софии все минареты пересобрали за последние годы. И нормально всё. Если данное медресе действительно имеет сакральную/историческую/культурную/туристическую ценность, то в чем проблема попросить того же Сулеймана Керимова оказать содействие? Даст денег, приедет команда профессиональных реставраторов, проведут оценку, разработают проект, наймут наших же местных каменщиков и за пару лет куклу сделают. Прикол в том, что такая реконструкция позволит ещё заглянуть В и ПОД старые стены. Обычно там находятся очень интересные артефакты, раскрывающие порой скрытую историю строения, https://t.me/ushanka05/55270